CIPAN colecta todas sus aguas residuales mediante una red diferente a la red de aguas pluviales. De esa forma no mezcla aguas contaminadas de sus procesos con el agua de lluvia. Este sistema se conoce como redes separativas.
Las aguas residuales derivadas de los procesos de fabricación de CIPAN se tratan en una nueva planta de tratamiento biológico de agua que opera desde Agosto 2018, mediante una tecnología novedosa llamada electro-peroxi-coagulación (EPC). El objetivo de la electro-peroxi-coagulación es inactivar las moléculas de antibiótico antes de que lleguen a los reactores biológicos y evitar así que los microorganismos encargados de la depuración de las aguas mueran por efecto del antibiótico.
El proceso de electro-peroxi-coagulación combina dos efectos: rompe las moléculas de antibiótico (tetraciclinas) en moléculas más pequeñas y oxida estos fragmentos, con lo que las hace más solubles. De esta manera las moléculas de antibióticos pierden su actividad bactericida y no afectan a la eficiencia de los reactores biológicos.
Las aguas tratadas son enviadas al colector municipal (de Vila Franca de Xira) para su tratamiento posterior junto con otras aguas de origen urbano e industrial.
CIPAN cumple con todos los parámetros de vertido establecidos por la legislación medioambiental portuguesa.
